Fond soudržnosti poskytuje prostředky na velké investiční projekty (v hodnotě minimálně 10 mil. EUR) v oblastech životního prostředí a dopravy těm členským státům, jejichž HNP na 1 obyvatele měřený paritou kupní síly je nižší než 90 % průměru EU a které realizují program vedoucí ke splnění podmínek hospodářské konvergence. Byl zřízen k posilování hospodářské a sociální soudržnosti Společenství. Projekty financované z tohoto fondu v sektoru dopravy tvoří součást transevropské dopravní sítě.
Míra pomoci EU poskytovaná Fondem soudržnosti činí cca 50 % - 85 % celkových uznatelných nákladů projektu. Pomoc z Fondu soudržnosti tak přímo navazuje na předvstupní pomoc EU pomocí nástroje ISPA, který byl analogií Fondu soudržnosti před vstupem ČR do EU.
Vstupem České republiky do EU byly projekty ISPA převedeny do režimu Fondu soudržnosti. Dále tedy pokračuje realizace 10 projektů ISPA (nyní již v režimu Fondu soudržnosti) a ČR je zároveň oprávněna podávat Evropské komisi žádosti o spolufinancování z Fondu soudržnosti. Pro období 2004 - 2006 bylo Evropskou komisí pro ČR stanoveno rozpětí čerpání z Fondu soudržnosti 9,76 - 12,28 %. Střední hodnota tohoto rozpětí činí 11,02 %, pro sektor dopravy tedy 472,5 mil. EUR. Po odečtení alokací na již probíhající projekty ISPA na léta 2004 - 2006 bude mít sektor dopravy z Fondu soudržnosti k dispozici zhruba 358,7 mil. EUR.
Pro čerpání prostředků z Fondu soudržnosti je důležité, že na žádnou výdajovou položku nesmí být čerpáno zároveň z Fondu a z Evropského zemědělského orientačního a záručního fondu, Evropského sociálního fondu, Evropského fondu pro regionální rozvoj nebo z Finančního nástroje pro orientaci rybolovu.
Za účelem využívání finančních prostředků z Fondu soudržnosti zpracovalo Ministerstvo dopravy "Strategický dokument pro Fond soudržnosti (2004 - 2006)", kterým bylo Evropské komisi navrženo 16 prioritních projektů. Tento dokument byl po konzultacích s Evropskou komisí v březnu 2004 aktualizován s ohledem na připravenost jednotlivých prioritních projektů a schválen vládou ČR dne 12. 5. 2004.