Monitorovací výbor se zřizuje v souladu s článkem č. 35 Nařízení Rady (ES) č. 1260/1999. Cílem Monitorovacího výboru je zajistit účinnost a kvalitu poskytované pomoci. Dle pravidel EK musí být fáze monitorování oddělena od řízení programu.

Členy monitorovacího výboru jsou zástupci MŽP, MD, SFŽP, SFDI, zástupci dalších ministerstev (MMR - Monitorovací výbor CSF, MF - finanční kontrola, MZe), dále delegovaný zástupce regionů, zástupce nevládních organizací a zástupce Evropské komise. Členy výboru jmenuje na základě návrhů příslušných institucí ministr životního prostředí při uplatnění principu partnerství.

Povinností Monitorovacího výboru je zajistit dohled nad realizací OP Infrastruktura, zejména nad zajištěním souladu s předpisy ES a legislativou ČR, dosažením cílů programu při efektivním využití veřejných prostředků, aj.

Monitorovací výbor zajišťuje zejména následující úkoly:
A) schvalování Programového dodatku, včetně ukazatelů, které se používají k monitorování pomoci,
B) sledování přípravy, realizace a vyhodnocení OP, jeho efektivnosti a účinnosti,
C) hodnocení postupu při dosahování specifických cílů OP,
D) analýza výsledků realizace OP,
E) schvalování výroční a závěrečné zprávy OP před jejich zasláním Evropské komisi,
F) vypracování návrhu změn pro Řídící orgán za účelem dosažení cílů OP Infrastruktura, včetně finančního řízení.