Ministerstvo má jako orgán veřejné správy možnost čerpat finanční prostředky z Evropské unie. Jako příjemce dotace má MD možnost realizovat projekty v rámci dvou operačních programů:

• Operační program Lidské zdroje a zaměstnanost - prioritní osa 4 - zefektivnění řízení lidských zdrojů ve veřejné správě, včetně vzdělávání zaměstnanců úřadů veřejné správy, politiků včetně zastupitelů územních samosprávných celků, metodiků a školitelů pro veřejnou správu, aplikace moderních metod zvyšování výkonnosti, kvality a transparentnosti veřejné správy a veřejných služeb apod.
• Integrovaný operační program - v rámci IOP se integruje několik tematických oblastí podpory, které musí být z hlediska vymezených kompetencí, subsidiarity (tj. respektování pravomocí organizačně nižších úrovní) a dělby práce zajišťovány z centrální úrovně orgány státní správy nebo orgány územní veřejné správy: modernizace veřejné správy, zvýšení kvality a dostupnosti, veřejných služeb, podpora územního rozvoje.