Dne 16. března 2004 byl v Bruselu, v rámci smírčího řízení, vyjednán kompromis ve všech dosud neuzavřených bodech a byla nalezena shoda o znění tzv. II. železničního balíčku.
Pod pojmem II. železniční balíček se rozumí novela směrnice 91/440/EHS, o rozvoji železnic Společenství, novela směrnic 2001/16/ES a 96/48/ES o interoperabilitě konvenčního a vysokorychlostního železničního systému, směrnice o bezpečnosti železnic Společenství, nařízení o vzniku Evropské železniční agentury a rozhodnutí Rady o zplnomocnění Komise jednat o podmínkách přistoupení Společenství k Úmluvě o mezinárodní železniční přepravě (COTIF).
v rámci jednání Rady vedené předsedajícím Irskem, Evropského parlamentu a Evropské komise bylo nalezeno kompromisní řešení ve všech sporných návrzích.
Druhý železniční balíček je důležitý k oživení nákladní železniční dopravy v Evropě, zejména s ohledem na soustavný pokles v podílu nákladní přepravy na železnici. Ukázala se jasná potřeba přijetí konkrétních opatření a umožnění převedení některých přeprav ze silnice na železnici.
Jako zásadní bod druhého železničního balíčku vidíme rozhodnutí o otevření železničního nákladního trhu od 1.1. 2006 pro mezinárodní dopravu a od 1.1. 2007 pro veškerou nákladní dopravu v rámci Společenství.
Tato liberalizace trhu železniční nákladní dopravy je doprovázena zvýšeným úsilím o zajištění interoperability železniční dopravní cesty a vytvořením rámce příslušných bezpečnostních standardů.
Jako krok správným směrem vnímáme rovněž zřízení Evropské železniční agentury, jejímž hlavním úkolem bude dohled nad zajišťováním interoperability a bezpečnosti Evropského železničního systému. Agentura bude mít sídlo ve francouzském Lille a její fungování zajistí řídící administrativní výbor složený ze zástupců všech členských států, Komise, průmyslu a sociálních partnerů.
Přijetí II. železničního balíčku je nepochybně nezbytný krok Společenství zejména k zajištění zvýšení bezpečnosti železničního provozu.