Odbor plavby v rámci svého poslání a působnosti odpovídá za:
1. zajišťování výkonu státní správy ve věcech vnitrozemské plavby dle zákona č. 114/1995 Sb., o vnitrozemské plavbě, ve znění pozdějších předpisů, prováděcích právních předpisů k tomuto zákonu a zákona č. 254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon), ve znění pozdějších předpisů, včetně výkonu činnosti odvolacího orgánu ve správních řízeních ve věcech vnitrozemské plavby,
2. zajišťování výkonu státní správy ve věcech námořní plavby podle zákona č. 61/2000 Sb., o námořní plavbě (dále jen zákon č. 61/2000 Sb.) a prováděcích právních předpisů včetně výkonu funkce Námořního úřadu,
3. uznávání školících středisek pro oblast námořní plavby podle § 3 odst. 2 písm. b) vyhlášky č. 157/2005 Sb.,
4. zajišťování výkonu státního dozoru v oblasti vnitrozemské plavby dle zákona č. 114/1995 Sb., o vnitrozemské plavbě, ve znění pozdějších předpisů a námořní plavby dle zákona č. 61/2000 Sb., o námořní plavbě, v návaznosti na zákon č. 522/1991 Sb., o státní kontrole, ve znění pozdějších předpisů,
5. metodické řízení Státní plavební správy v oblasti působnosti odboru,
6.   zabezpečování ochrany území pro rozvojové plány vodních cest, a to především pro výhledové splavnění vodních toků Morava a Odra a trasy uvažovaného průplavního spojení Dunaj-Odra-Labe v rámci směrných částí územních plánů velkých územních celků,
7.  zajišťování implementace systému Říčních informačních služeb s ohledem na problematiku plavebního provozu,
8. spolupráce s Odborem financí a ekonomiky na rozpočtu Státní plavební správy včetně schvalování investičních záměrů vlastních investic Státní plavební správy,
9.  za zpracovávání a projednávání programových dokumentů a opatření a jejich realizaci v oblasti provozování plavby a veřejných přístavů včetně zajišťování programové dotační podpory provozovatelů vodní dopravy a přístavů v souvislosti s provozováním vodní dopravy a přístavů a podpory modernizace plavidel.
V rámci své odpovědnosti dále za:
zabezpečování legislativní činnosti ve věcech v působnosti odboru v rozsahu podle bodů 4. až 6.
Dále spolupracuje:
- při zpracování připomínek k obecně závazným právním předpisů, které mohou mít dopady na obor vnitrozemské plavby nebo námořní plavby,
- při koordinaci programů technické normalizace v souladu s programy mezinárodních normalizačních organizací v oblasti vnitrozemské plavby a námořní plavby,
- při rozvoji a modernizaci vodních cest z hlediska potřeb provozování vodní dopravy;
a zastupuje:
- ČR v pracovních orgánech EHK OSN (TRANS/SC. 3, SC.3/WP.3 a WP. 15/AC.2) a PIANC,
- ČR v Mezinárodní námořní organizaci IMO,
- ČR v Dunajské komisi a Ústřední komisi pro plavbu na Rýně v rámci pozorovatelského statusu,
- ČR v orgánech a agenturách EU v oblasti vnitrozemské plavby a námořní plavby,
- ČR v orgánech koordinujících implementaci Říčních informačních služeb v celoevropském rámci,
- zastupuje ČR ve výborech a komisích bilaterální spolupráce ČR a sousedních zemí v oblasti vodní dopravy,
- ČR v Česko-rakousko-slovenské pracovní komisi pro Napojení jižní Moravy na Dunaj vodní cestou,
- zastupuje MD v komisích pro hraniční vody.
Členění odboru:
231 Oddělení státní správy v oblasti vnitrozemské plavby,
232 Oddělení námořní plavby,
233 Oddělení vodní dopravy.